При работе с деревянными конструкциями обычно применяются саморезы с редким шагом резьбы. Именно такое строение позволяет максимально сохранить структуру скрепляемых материалов. Для этой же цели, прежде чем ввинтить саморез в дерево, в нем предварительно просверливается отверстие меньшего диаметра, чем сам винт (диаметр измеряется по резьбе). Некоторые мастера дополнительно смачивают изделие маслом для облегчения ввинчивания и уменьшения разрушительного воздействия на дерево. Ввинчивается крепеж при помощи отвертки соответствующей формы или шуруповерта.

Помимо цвета и резьбы, стоит обратить внимание на строение головки самореза. Как правило, предназначенные для работы с деревом саморезы имеют плоскую или слегка вогнутую шляпку, которая полностью входит в скрепляемый материал и не выступает над его поверхностью. Такой тип еще называют потайным. Некоторые разновидности закрываются сверху декоративной кнопкой в цвет материала (например, при сборке мебели).